依托长三角创新工程团队，以及应用经济所、城市与人口所、生态与可持续发展所、信息所、社会学所等研究所力量，对长江经济带的产业升级、科技创新、生态保护、社会发展等议题开展研究。由王振、李伟、周海旺、周冯琦分工负责。下设研究一部和研究二部两个部门，研究一部主要研究方向为产业发展和科技创新，研究二部主要研究方向为生态环境和社会治理。

依托长江经济网，建设具有智库特色的专业化大型数据库。由赵虹、陈国政负责。

依托上海社科院智库建设处，依托长江经济带发展论坛及其学术委员会。由于蕾、邓智团负责。

贯彻执行研究中心各项决定，协调研究中心各部门管理关系的职能部门。由李林负责。